如果你是指正宗的自營硝化菌的話我不預期他們會是很好的競爭者。
硝化作用是可以把較易被利用的氨氧化為需要還原才能用的硝酸鹽，但這不見得足以讓藍綠藻失去與其他藻類的競爭優勢，且很多種類也能固氮所以不一定會受缺氮太大的影響。
自營硝化細菌和古菌通常也不是生長速度很快的微生物，因此靠空間或是微量元素競爭的可能性也不大。
另外要在有開燈的缸中單獨只讓硝化微生物增生也不容易，因為很高比例進到系統的氨都會被光合作用生物用掉，而台灣也很難買到真的包含自營硝化微生物的產品。
紅泥藻比較麻煩的是他們形成的生物膜可以纏住很多顆粒，也能使用底床中的養分，因此比較難在短期內靠微量元素限制他們生長。
此外生物膜中包含了許多能利用有機碳的異營菌能輔助維持膜的構造及環境，而藍綠藻自己又能釋出大量的有機碳供給異營菌形成一個微型生態系，因此不物理介入很難讓他們自行消退。
持續物理移除以及確保水流狀況的確是我會建議的第一步。
接著與處理甲藻一樣，在確保硝酸鹽及磷酸鹽不缺乏的情況下也可靠矽酸鹽的添加促進矽藻搶回清理完的表面以及競爭微量元素。
枯草桿菌等芽孢桿菌同樣也常被回報對藍綠藻有競爭效果，文獻中確實也有一些菌株對藍綠藻有抑制能力。
我也聽過幾個案例是使用Rhodopseudomonas等紫非硫菌系列的光合菌成功處理紅泥藻(KZ的cyano clean就是Rhodopseudomonas為主)，但我自己先前以Rhodospirillum實驗倒是沒有太顯著的效果。
前陣子我有成功兩次以TM的cyo-control抑制住大量增長的紅泥。不過這罐的含菌量似乎不高，所以我還沒有成功純化到足量DNA來去定序鑑定菌種。他們家的Nitrobiotic倒是就真的幾乎都是枯草桿菌(除此之外的DNA都少的可憐)，而在我的經驗中雖然有一些抑制的效果但沒有cyo-control那麼顯著。
Tylosin之類的抗生素也是一個多半很有效的方案，但除非是很嚴重的爆發狀況否則我通常並不推薦。
另外如果整缸只有幾個角落有一點紅泥的話我會建議直接無視，換水無聊再去吸一下就好了。我決大多數有開燈的缸子認真找多少都會有一點紅泥，但它們基本上只會待在原地，然後有時就又莫名消失了。
