exit70
💎💎💎🏆🏆
很奇怪的是，產品沒味道，
靠近魚缸聞也感覺不出來，
只有從外面一走進家裡，才會察覺出空氣的味道不一樣，
而且之前沒這現象，最近才有，除了那間水管以外也沒在別的地方聞到過，
我自己猜是菌的味道，不過也不知道對不對
光合菌聽說魚類水產養殖好像常用，
不過板上好像FO的缸比較少，
難道是珊瑚自身會夾帶許多細菌，所以需要的菌種和fo缸所需要的光合菌不同嗎？
[分享]市售菌種菌相測試結果
- 主題發起人 jeremie
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小張 聯絡電話: 0910882971
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靠近魚缸聞也感覺不出來，
只有從外面一走進家裡，才會察覺出空氣的味道不一樣，
而且之前沒這現象，最近才有，除了那間水管以外也沒在別的地方聞到過，
我自己猜是菌的味道，不過也不知道對不對
光合菌聽說魚類水產養殖好像常用，
不過板上好像FO的缸比較少，
難道是珊瑚自身會夾帶許多細菌，所以需要的菌種和fo缸所需要的光合菌不同嗎？
的確有一些光合菌是已知的珊瑚共生菌(如Rhodopseudomonas)，但大多產品應該都是比較偏向水質處理或是競爭病原菌的用途。很奇怪的是，產品沒味道，
靠近魚缸聞也感覺不出來，
只有從外面一走進家裡，才會察覺出空氣的味道不一樣，
而且之前沒這現象，最近才有，除了那間水管以外也沒在別的地方聞到過，
我自己猜是菌的味道，不過也不知道對不對
光合菌聽說魚類水產養殖好像常用，
不過板上好像FO的缸比較少，
難道是珊瑚自身會夾帶許多細菌，所以需要的菌種和fo缸所需要的光合菌不同嗎？
不過這些資訊也幾乎都是源自水產養殖方面的研究，至於珊瑚的共生微生物群我是不認為目前有多少廠商會將這點考量在內。
Lysinibacillus sphaericus（球形溶桿菌）是一種革蘭氏陽性細菌，廣泛存在於土壤、水體和植物表面等自然環境中。它在水處理領域具有一定的應用潛力，主要得益於其特殊的生物學特性。以下是它在水處理上的一些幫助：
1. 生物除蟲作用
Lysinibacillus sphaericus 被廣泛研究和應用於控制蚊蟲幼蟲（特別是攜帶疾病的蚊子，如瘧疾和登革熱的傳播媒介）。這種細菌能夠產生毒性蛋白（例如二元毒素，Bin toxin），對特定種類的蚊蟲幼蟲具有高度毒性。在水處理中，這種特性可以用於處理積水或污水池，減少蚊蟲滋生，從而改善水質的衛生狀況。2. 有機物降解
Lysinibacillus sphaericus 具有分解有機物的能力，特別是一些有機污染物。它可以通過代謝作用分解水體中的有機廢物，例如碳水化合物和蛋白質，從而降低水體的生物需氧量（BOD）和化學需氧量（COD）。這對於處理工業廢水或生活污水有一定幫助。3. 重金屬吸附與生物修復
研究顯示，Lysinibacillus sphaericus 的細胞壁具有一定的吸附能力，可以結合水中的重金屬離子（如鉛、鎘、銅等）。這種特性使其在水體的生物修復（bioremediation）中具有潛力，特別是處理受重金屬污染的廢水。4. 抗菌活性
這種細菌還能產生一些抗菌物質，對某些病原菌具有抑制作用。在水處理過程中，這有助於減少水體中的有害微生物，進一步提升水質安全性。應用實例與限制
- 實際應用：Lysinibacillus sphaericus 常被用作生物殺蟲劑，特別是在熱帶地區的積水處理中。它也被研究用於生物膜技術，與其他微生物協同處理廢水。
- 限制：它的作用範圍相對特定，對非目標污染物（如某些化學合成物質）的降解能力有限。此外，其在大規模水處理中的應用還需要考慮成本、生長條件和環境適應性。
a255354
🏅🏅🏅🏅
這篇原文後續討論好像又有點新東西了 不知道版主有沒有新想法原文連結：Bottled bacteria results - main thread
前陣子看到國外魚友Telegraham在Humble fish論壇po的一系列市售菌種菌相測試結果覺得挺有趣的就上來分享一下。
他用的方式是將菌種產品用AquaBiomics公司的檢測kit採樣送檢，再透過次世代定序針對樣本中的16S rRNA序列(這段序列常被用在原核生物的鑑別)來分析裡頭的菌種組成，而kit中也有附固定液來殺死細菌保留核酸並避免運輸過程中長其他東西。
這事我其實之前也有想自己試試，不過次世代定序實在不便宜再加上我也暫且沒啥時間處理樣本抽DNA所以就一直拖著沒搞。
這邊稍微抓幾個我覺得比較有趣的結果出來：
1. KZ Zeobak
由上到下分別是占比高到低的不同菌種(這邊是64.374%~1.295%)
這個測試結果算是裡頭比較多人討論的，因為這些菌種幾乎都不是常出現在海水裡的東西，反倒很多菌是比較常見於人類皮膚或土壤裡的
首先是佔比最高的不知名Stenotrophomonas，可能的候選物種為S. maltophilia, S. acidaminiphila, S. nitritireducens, 或S. pictorum這五個物種其中之一。
這個屬的細菌比較常在土壤、植物等地方被發現，不過也有少部分能適應海水的菌株甚至是人類致病菌株。
我沒有很確定他們放這東西要幹嘛(如果真的是刻意放的)，因為也沒有什麼文獻有提到他們跟海洋生物或是水產養殖有什麼關系，只有一個種Stenotrophomonas nitritireducens是已知有一些菌株能還原NO2為N2O(但不會動NO3)。
第二多的Steptococcus pneumoniae就是大名鼎鼎的肺炎鏈球菌。
並不是所有的肺炎鏈球菌菌株都會致病，他們其實也是很常見於人類皮膚的東西，但這顯然不會是一款正常水族菌種裡該出現這麼高比例的東西。
污染的可能性很高，不過如果採樣者是照著檢測kit說明操作而沒有直接拿採樣棒抹自己皮膚的話採樣環節污染的機率倒是不高(kit內是有固定液殺菌的)，所以大概率是瓶子內早就被污染了。
2025/1/3修正為某種Bacillus，其肺炎鏈球菌錯誤名稱源自原始資料庫的誤植。因此實際上該序列應屬於B cereus, B. thuringiensis, B. anthracis, 或 B. mycoides這四個物種其中之一。
Lysinibacillus的兩個菌株基本上是會出現在土壤或是糞便裡的東西，所以也不知道為啥這裡有。
值得一提的是L. sphaericus的一些菌株是可以拿來作為生物性殺蟲劑的，只是就和水生生物沒啥關係了。
最後則是Staphylococcus aureus金黃色葡萄球菌，這個顯然也是污染。
2. Prodibio Bio digest
這個檢測結果應該是裡頭多樣性最高的，不過這點是好是壞就很難說了。
因為東西實在太多而且比例又都不高所以我就不一一介紹了，只挑幾種稍微講一下。
Desulfuromonas這個屬有許多菌株可以進行硫還原(產物常為硫化氫)，主要為淡水缺氧水域的菌，不過也有少部分能生存於海水。
D. soudanensis也已知有菌株能進行鐵的還原，且帶有有固氮和硝酸鹽還原的基因。
Penicillium digitatum就是青黴菌，讓你水果發霉的常常就是他們，而這樣本裡頭的大概也是來自於污染。
Methanobrevibacter arboriphilus是厭氧的古菌，有些菌株曾被在污水中發現。同屬的其他菌株也是常會在動物消化道內的甲烷生成古菌。
Acanthamoeba這東西其實是環境中常見的變形蟲，有些物種可能導致角膜炎甚至腦炎，大概也是掉進去的污染。
Zobellella denitrificans確實最初就是從海洋環境(紅樹林)中分離的菌種，除了如名稱所述具脫氮能力外也有菌株能產生抗菌物質PHB因此也可能有抗病原能力。
Bacillus subtilis就是大家熟悉的枯草桿菌，也是最被了解的革蘭氏陽性菌。這個物種分布很廣，從海洋到人類腸胃道都有，也有很多菌株被運用在水產養殖。
結論來說我是認為絕大多數的東西應該一樣不是廠商有意放入的，所以要嘛是污染要嘛就是一開始培養的時候就是直接在那邊煮大鍋飯。
3. Brightwell MB7 & Dr. Tim's Eco-Balance
MB7
Eco-balance
這兩款的共同點都是三種的Bacillus，而這三個物種都有菌株被運用在包含水產養殖在內益生菌用途上也相當容易商品化，因此他們確實可能是廠商的培養目標。
MB7中的OM43 clade Methylophilaceae確實有已知的海洋菌株，而這類群的細菌特點為他們運用一些單一碳原子有機化合物的能力。
Chaetoceros是角毛藻，我也不曉得這東西怎麼進來的，有可能是其他產品線甚至是缸水的污染。
Ruegeria也主要為海洋菌種，亦有菌株被發現存在於珊瑚共生微生物群中且有抑制一些病原的能力。
Eco-balance中的Serratia marcescens就是個比較尷尬的東西了。這種菌有許多已知的人類致病菌株，還有一些能造成珊瑚疾病，所以實在不是應該出現的東西。
Telegraham原本覺得第一次測到的時候覺得可能是自己用的時候污染，不過這次新買的再測還是有代表可能在生產過程就進去了。
4. KZ Cyano Clean
Lysinibacillus sphaericus又再次出現了，而且在這裡比例還相當高，不過我仍然想不太到什麼有理由把這東西放入產品內。
Rhodopseudomonas就是一般我們常叫的光合菌，有許多菌株都被運用在水產養殖或農業，也有已知的珊瑚共生菌株，所以這個我是覺得比較可能是刻意養的東西。
至於剩下四種則全都是人體或環境常見的東西，所以大概率也是污染。
個人看法：
1. 無論裡頭原本放入什麼菌，這些菌種產品本來就是營養豐富的基質了，因此就算廠商端沒污染，隨著你開開關關也有很高概率在過期前裡面就被狸貓換太子了。如果運氣好也許只是產品失效，運氣差可能直接養出病原菌，所以平時用這些東西時最好還是記得洗手然後盡量讓它們遠離食物或小孩。
2. 一個常規的穩定海水缸中絕大多數的菌種根本無法被人工分離培養，所以你在這些產品中也很少看到海水缸中的那些主要菌群。也因此我並不認為有辦法單靠市面上任何菌種產品就建立起穩定系統的菌相，絕大多數的微生物來源還是得靠活石、舊濾材、或生物等來帶入。
3. 這些測試結果也只是單一一瓶，而實際狀況下各種污染以及瓶內微生物增長的情形也有可能導致同一個產品但每個人買到的裡面根本都已經不是一樣的東西了。這也可能進一步造成產品的兩極評價，有些人認為效果正面；有些沒感覺；有些則可能加了後就倒缸了。
我本來是想等之後也把TM兩款菌的菌相做出來後再和之前的zeobak系列實驗以及後續討論內容一起更新，不過最近比較忙所以有點小懶XD。
不過既然提到了我就先簡單整理一下幾個後續其他人做的菌相結果吧。
在原文中後來又有一個玩家saltyarms把幾款菌種產品採樣送檢，其中包含：KZ Zeobak, AF Pro Bio S, FM Rebiotic, 以及Captiv8 Remedi8
先從Zeobak開始好了。綜合了telegraham和saltyarms兩人的送檢結果以及我這邊所檢驗的三罐，Zeobak這款產品總共已經累積了五筆菌相資料了。
https://aquabiomics.com/wp-content/...1003175_Prokaryotic_DNA_Content_Report_b.html
saltyarms的結果如上連結，而表格則是我當初整理的比對telegraham的一筆和我的三筆菌相資料中的幾個大於1%的菌屬相對豐度比較(我有點懶得做新表格了……)。
可以看到其中菌相的變異性其實相當的大，不過若是略掉大概已經被嚴重污染的bakA樣本的話裡頭倒是有幾個重複出現的類群。這包含Bacillus cereus group、Lachnoclostridium、Lysinibacillus、以及Staphylococcus。Stenotrophomonas的話則是僅出現在telegraham和saltyarms兩人的送檢結果，我這邊就沒有檢測到這個屬的DNA了。
後來再和AquaBiomics的Eli Meyer討論後我是傾向認為KZ原本想培養的高概率是Bacillus cereus，只是因為一路從培養到包裝運輸的過程中被污染後就混進了各種東西。Staphylococcus鐵定是污染，至於Lachnoclostridium和Lysinibacillus我覺得就比較有趣一點，因為他們在文獻中倒也不是完全沒有任何益生菌潛力，所以我是不會完全排除他們是刻意放入的，但也有可能是很上游(也許是在培養的時候)的污染。
接著則是AF Pro Bio S的結果。裡頭是以Acetobacter和Lactobacillus兩個屬的菌為主，也就是醋酸菌和乳酸菌。兩者都是發酵食品製程中的重要角色，也有一些作為益生菌的潛力，只是我也不知道他們所使用的菌株處理營養鹽的效率會不會比較好。
FM Rebiotic的結果看起來就比較悲劇一點了。裡頭比例最高的Enterococcus和Clostridium和Pseudomonas 基本都是人體上比較容易出現的東西，我也覺得刻意放入的機率很低，比較可能是污染。不過其他東西的比例實在太低了，所以也不曉得到底原本是想養啥，真要猜的話或許也某種Bacillus吧。
Captiv8 Remedi8這款臺灣沒有，不過結果基本上就是一堆Bacillus，算是蠻典型的水族菌種產品。比較有趣的是裡頭也有發現不少的
Lachnoclostridium和Lysinibacillus，因此讓我有點懷疑這兩個屬是不是很容易長到培養Bacillus的medium裡面。
a255354
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感謝抽空回復 原來有討論到會送檢TM菌 我爬文的時候沒注意到 看來除了AF以外 幾大家幾乎都是培養Bacillus屬細菌我本來是想等之後也把TM兩款菌的菌相做出來後再和之前的zeobak系列實驗以及後續討論內容一起更新，不過最近比較忙所以有點小懶XD。
不過既然提到了我就先簡單整理一下幾個後續其他人做的菌相結果吧。
在原文中後來又有一個玩家saltyarms把幾款菌種產品採樣送檢，其中包含：KZ Zeobak, AF Pro Bio S, FM Rebiotic, 以及Captiv8 Remedi8
先從Zeobak開始好了。綜合了telegraham和saltyarms兩人的送檢結果以及我這邊所檢驗的三罐，Zeobak這款產品總共已經累積了五筆菌相資料了。
https://aquabiomics.com/wp-content/...1003175_Prokaryotic_DNA_Content_Report_b.html
saltyarms的結果如上連結，而表格則是我當初整理的比對telegraham的一筆和我的三筆菌相資料中的幾個大於1%的菌屬相對豐度比較(我有點懶得做新表格了……)。
可以看到其中菌相的變異性其實相當的大，不過若是略掉大概已經被嚴重污染的bakA樣本的話裡頭倒是有幾個重複出現的類群。這包含Bacillus cereus group、Lachnoclostridium、Lysinibacillus、以及Staphylococcus。Stenotrophomonas的話則是僅出現在telegraham和saltyarms兩人的送檢結果，我這邊就沒有檢測到這個屬的DNA了。
後來再和AquaBiomics的Eli Meyer討論後我是傾向認為KZ原本想培養的高概率是Bacillus cereus，只是因為一路從培養到包裝運輸的過程中被污染後就混進了各種東西。Staphylococcus鐵定是污染，至於Lachnoclostridium和Lysinibacillus我覺得就比較有趣一點，因為他們在文獻中倒也不是完全沒有任何益生菌潛力，所以我是不會完全排除他們是刻意放入的，但也有可能是很上游(也許是在培養的時候)的污染。
接著則是AF Pro Bio S的結果。裡頭是以Acetobacter和Lactobacillus兩個屬的菌為主，也就是醋酸菌和乳酸菌。兩者都是發酵食品製程中的重要角色，也有一些作為益生菌的潛力，只是我也不知道他們所使用的菌株處理營養鹽的效率會不會比較好。
FM Rebiotic的結果看起來就比較悲劇一點了。裡頭比例最高的Enterococcus和Clostridium和Pseudomonas 基本都是人體上比較容易出現的東西，我也覺得刻意放入的機率很低，比較可能是污染。不過其他東西的比例實在太低了，所以也不曉得到底原本是想養啥，真要猜的話或許也某種Bacillus吧。
Captiv8 Remedi8這款臺灣沒有，不過結果基本上就是一堆Bacillus，算是蠻典型的水族菌種產品。比較有趣的是裡頭也有發現不少的
Lachnoclostridium和Lysinibacillus，因此讓我有點懷疑這兩個屬是不是很容易長到培養Bacillus的medium裡面。
想請問Bacillus屬細菌功能都類似大家熟知的枯草芽孢桿菌嗎
那如果是以Bacillus屬細菌為主是不是等於MB7的內容物比例最高
TM的話並不是討論中提到的，是我自己打算檢驗的(剛好看到他們有個新出的除紅泥產品所以有點好奇)。
芽孢桿菌屬下的不同物種或是菌株其實功能上可以有很大的差異。有一些有行異營硝化作用的能力、有一些被應用於抑制病原、甚至還有一些自己本身就是病原菌。
我覺得芽孢桿菌被廣泛出現在水族產品中主要也只是因為他們可以形成環境耐受性很強的芽孢，所以在產品中就比較容易長期存活。
有送檢過的這幾罐裡的確是MB7和Captiv8 Remedi8兩樣本中Bacillus相對豐度最高，不過也不曉得不同罐間的差異會有多大就是了。
